ผีซ่ากับฮานาดะ เป็นเรื่องที่เกี่ยวข้องกับผีแน่นอน แต่เนื้อเรื่องไม่ได้น่ากลัวสยองอย่างที่คิดโดยจะเน้นหนักไปความสัมพันธ์ระหว่างเด็กผู้ชาย นามว่า ฮานาดะ อิจิโระ กับเหล่าบรรดาภูติผี วิญญาณที่ยังไม่ได้ไปผุดเกิด ซึ่งหนูน้อยฮานาดะคนนี้ก็มีความสามารถในการมองเห็นวิญญาณ ก็มาจากการที่เขาประสบอุบัติเหตุรถชน ขณะที่เขากำลังขี่จักรยานหนีแม่ตัวเอง ความสามารถที่เขาได้นั้น กลับไม่มีใครเชื่อถือเขาเลย เพราะในสายตาของคนอื่นๆนั้น ฮานาดะ เป็นแค่เด็กซุกซน ชอบรังแกคนอื่นเท่านั้นโดยฮานาดะนั้นจะต้องคอยช่วยเหลือเหล่าบรรดาภูติผี วิญญาณ ที่ยังไม่ได้ไปผุดไปเกิด ให้สมหวังตามที่เขาต้องการ และจะได้ไปเกิดใหม่อย่างหายห่วง
